知っておきたい　通勤手当の非課税限度額改正と年末調整対応

寄稿者：北條　孝枝（株式会社ブレインコンサルティングオフィス・社会保険労務士）

2025年4月以降の通勤手当の非課税限度額が、11月の改正により引き上げられました。時期を遡っての適用となるため、年末調整で精算が必要な場合もありますが、多くの企業では既に年末調整を始めていることと思います。実務担当者は早めの確認と対応を心がけましょう。

なぜ改正されたのか？

2025年11月19日に所得税法施行令の一部改正が公布され、翌20日から施行されました。この背景には、物価やガソリン代の上昇があります。2025年の人事院勧告により公務員の通勤手当見直しが行われたことに合わせて、民間企業も同様の基準に変更されました。今回の改正では、自動車や自転車など交通用具で片道10km以上の距離を通勤する場合が対象となります。

改正の内容

改正後の非課税限度額は、2025年4月1日以降に支払われるべき通勤手当に適用されます。公共交通機関等を利用する場合の上限（月15万円）に変更はありませんが、車通勤などの場合は距離に応じて引き上げられています。改正前後の比較表は図1のとおりです。

確認すべき事項

改正への対応が必要なケースは、以下のいずれにも該当する場合です。

• 交通用具についての通勤手当を支給している
• 片道10km以上の通勤者に課税通勤手当を支給している

対象者を早めにリストアップしておきましょう。

年末調整で行うべきこと

対象となる従業員は、次の手順で精算します。

1. ①4月以降で支給済みの通勤手当について、改正後の非課税限度額の差額を月ごとに計算し、合計する
2. ②年末調整で「給与・手当等」で集計された金額から①の金額を差し引く
   ※11月20日以降の支給日で、改正後の非課税限度額を適用して支給した月については精算不要

国税庁のHPでは、下記のように源泉徴収簿の記載例を公開しています。

退職者への対応

2025年の途中で退職して既に源泉徴収票を発行済の場合、改正により非課税となる金額があれば源泉徴収票の再発行が必要です。年末調整で精算する場合と同様に、支払済みの金額から非課税限度額の差額を再計算し、「支払金額」欄を訂正し、源泉徴収票を再発行します。「摘要」欄には、「再交付」と記載してください。

今回の改正は、従業員にとっては税負担の軽減となる一方、企業には年末調整での追加対応が求められます。年末調整計算の時期と重なることから、実務担当者の負担は重くなります。4月以降に支払った通勤手当に対して、課税処理を見直す必要があるかどうかを早急に確認しておきましょう。